Theo các văn bia, câu đối còn ghi lại nơi đây, thông qua lời kể của các cụ cao niên trong làng và lời dịch lại của Giáo sư Phan Huy Lê trong lần về thăm chùa năm 2012, cũng như theo cuốn sách “Chùa Cổ Hà Tĩnh” do nhà nghiên cứu Thái Kim Đỉnh chủ biên, chùa được xây dựng vào năm 654, thế kỷ thứ 7 sau Công nguyên, trên khuôn viên hơn 7.000 m2.
Trong chùa có hai câu đối:
Vĩnh cửu thiên trung khai tuệ nhật, Phúc duyên sơn thượng ấm từ vân.
(Vĩnh viễn giữa trời vừng tuệ đó, Phúc duyên trên núi đám mây từ)
Dữ thiên địa trường tồn, Dương, Mặc, Lão, Trang hà tại Cắng cổ kim phụng sư, Lương, Đường, Tần, Hán dĩ lai.
(Cùng trời đất lâu dài, Dương, Mặc, Lão, Trang đâu nữa? Suốt xưa nay thờ phụng, Lương, Đường, Tần, Hán đến giờ).
Trước đây chùa có đầy đủ các công trình như nhà Tăng, chùa Thượng, chùa Hạ, tượng Hộ pháp, cổng tam quan, giếng nước... Xung quanh có rất nhiều cây cối rậm rạp, có nhiều cây lấy gỗ như cây dung, cây bời lời... cây ăn quả như cây nhời, cây bứa, cây nổ bìa... Đặc biệt có rất nhiều loài chim muông về đây làm tổ sinh sống. Sân Chùa là nhà bái đường, có diện tích khoảng 5m x 9m. Tường xây lợp ngói phía trước có mở ba cửa vòm. Trên đỉnh nóc có cấu tạo lưỡng chầu nguyệt. Cột kèo văn xà làm bằng gỗ lim ở chính giữa có xây một hương án để sư thầy làm lễ và có chổ chứa được khoảng 50 – 60 người dự lễ…”.
Có một quả chuông đúc dòng chữ “Nông Sắt tự chung” có cù lao và bốn nụ cao khoảng 0,65m, đường kính 0,3m. Một chiếc trống lớn và một bộ chuông nhỏ để tụng kinh niệm Phật. Tiếp nhà bái đường đến chính điện là một khoảng trống có diện tích 4m x 5m, hai bên có hai dãy áp bái. Phía bên phải khoảng trống ngang hàng với áp bái cách 30m có một đền thờ Quan Công, phía bên trái thờ Tam tòa Thánh Mẫu có hoa văn cổ kính rất đẹp, cạnh dãy nhà thờ là giếng nước. Nhà chính diện có diện tích khoảng 25m2 xây bằng đá, vôi, mật ong, mái lợp cong cuốn, đường nét tinh xảo. Phía trong thiết trí tôn tượng Tam Thế. Kế đó một bậc có 3 tôn tượng không rõ tượng gì. Bậc dưới chính giữa có tượng Phật Thích Ca đản sanh, có 9 con rồng bao phủ gọi là Cửu Long. Tất cả các pho tượng đều làm bằng gỗ quý sơn son thiếp vàng rất đẹp. Gian bên trái có tượng Quan Thế Âm Bồ Tát, bên phải có tượng Địa Tạng. Hai pho tượng này cao gần 2m. Chùa có ruộng riêng khoảng 9 sào đất tốt. Đây là ngôi chùa duy nhất ở Hương Bộc thời bấy giờ được cấp ruộng riêng. Hàng năm dân làng thay nhau cày cấy, chăm sóc, lấy sản phẩm phục vụ cho việc thờ cúng ở chùa.
Chùa Vĩnh Phúc còn là nơi mang đậm dấu ấn về sự ra đời của Phật giáo Hà Tĩnh lúc bấy giờ. Năm 1935, Hòa thượng Thích Tinh Cần, thế danh Hà Thế Hanh, sinh năm 1902, nguyên quán xã Vĩnh Ninh, huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình. Năm 1916, mới 14 tuổi ngài vào cố đô Huế để xuất gia tu học. Với bản tính thông minh nhanh nhẹn, siêng năng cần cù, chú tiểu đất Quảng Bình được các bậc tôn túc Hòa thượng yêu quý, đặc biệt là vị thầy Bổn sư đã kèm cặp tu hành khiến chú tiểu sớm trở thành một vị Tỳ kheo trẻ tinh thông giáo lý đức Phật và có phẩm hạnh.
Năm Ất Hợi (1935), Tỳ kheo Thích Tinh Cần được bổ xứ ra Hà Tĩnh để hoằng truyền giáo pháp và xây dựng Phật pháp trên mảnh đất Hà Tĩnh. Lúc ấy Ngài mới 33 tuổi. Tại đây, Ngài đã xây dựng đạo tràng, chùa tháp, trụ trì ngôi chùa Cổ Lam tự (cạnh Nhà Văn hóa tỉnh Hà Tĩnh ngày nay). Từ đó, Ngài đã đặt chân đến hầu hết các chùa trên đất Hà Tĩnh. Ngài còn thường xuyên thỉnh mời những vị giáo thọ từ miền Bắc để nhằm bồi dưỡng, trau dồi kiến thức Phật pháp cho tăng, ni, phật tử trong tỉnh. Mới hoàn thành tâm nguyện bước đầu, nhưng nạn đói năm Ất Dậu 1945 đã cướp đi sinh mạng của cha mẹ và 2 người anh chị của Ngài; để lại người cháu đích tôn duy nhất là Hà Thế Nhơn. Năm 1945, Tỳ kheo Thích Tinh Cần đã về quê đưa người cháu ruột ra nương nhờ cửa Phật để tiếp bước Ngài, nhưng duyên lành xuất gia chưa đủ nên người cháu đã lập gia đình. Sau năm 1945, Ngài phụ trách Tỉnh hội Phật giáo Hà Tĩnh. Năm 1954 thực dân Pháp rút quân khỏi Đông Dương, Phật giáo miền Bắc kiện toàn, Ngài được tấn phong Hòa thượng và phụ trách Phật giáo Tỉnh hội Hà Tĩnh. Ngài đã về trụ trì chùa Vĩnh Phúc (Chùa Sắt). Ngày 3 tháng 7 năm Ất Mùi (20/08/1955) Ngài viên tịch, ninh phần tháp mộ lúc đầu được an táng tại thị xã Hà Tĩnh (Nhà Văn hóa tỉnh ngày nay), sau đó ông Hà Thế Nhơn – cháu ruột (quê ở Thạch Hương) đã đưa mộ Ngài về an táng tại nghĩa trang xã Thạch Hương. Ngày 3/7 (Âm lịch) hàng năm được lấy làm giỗ cố Hòa thượng tại chùa Vĩnh Phúc (Chùa Sắt).
Trải qua bao biến đổi của đời sống, hiện nay, chùa Vĩnh Phúc chỉ còn lại một nhà thượng điện, diện tích khoảng 25m2, tọa lạc trên khuôn viên gần 200m2. Toàn bộ tượng, đồ vật trong chùa đều đã bị thất lạc. Các họa tiết hoa văn trong ngoài dù bị hư hỏng nhiều nhưng vẫn thể hiện nét cổ kính, tinh xảo, nội dung người xưa muốn lưu lại và một số mảng màu sắc nguyên gốc thuở xưa. Đặc biệt, ngôi thượng điện này được “thiên nhiên bảo vệ” bằng một cây cổ thụ xanh tươi, rất đẹp ôm chặt để chống chọi, thử thách với thời gian.
Cũng giống như truyền thống của đạo Phật, trong chiến tranh, chùa Vĩnh Phúc còn là địa chỉ che chở cho con người thoát nạn bom đạn. Nhiều người cũng không thể lý giải nổi vì sao, những thôn xóm lân cận, nơi nào cũng bị bom Mỹ phá hại, chỉ riêng xóm Cửa Nương nơi có chùa là không có một quả bom, viên đạn nào. Bởi thế, chùa là nơi trú ngụ an toàn cho người dân trong vùng mỗi lần giặc Mỹ tấn công. Theo bà con nhân dân ở gần chùa kể lại, có rất nhiều câu chuyện nhiệm mầu về chốn linh thiêng này, như những cây lá xung quanh hay giếng nước được coi như vị thuốc chữa trị những căn bệnh đơn giản cho dân làng, hay chuyện trẻ con bị sài lở lấy lá xung quanh giếng chùa về sắc uống là lành bệnh...
Chiến tranh kết thúc, các hoạt động của Phật giáo tạm lắng, nhiều chùa chiền bị hư hại trở thành phế tích kéo dài hàng trăm năm qua, trong đó có ngôi chùa Vĩnh Phúc vì phế tích, thiếu sự quan tâm nên diện tích đất chùa bị người dân lấn chiếm làm nhà ở. Còn lại một gian nhà không với một miếng gỗ cũ đặt ở phía trước. Qua tài liệu và nhân chứng Chùa còn lưu dấu tích và nguồn gốc mang dáng dấp kiến trúc đậm nét văn hóa tâm linh truyền thống Việt đúng với những gì truyền thống văn hóa Phật giáo xưa để lại và tồn tại trên một vị trí đắc địa linh thiêng.
Với tinh thần tri ân, báo ân cũng như đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tín ngưỡng, quy hướng tâm thiện của Phật tử nhân dân. Ngày 09.4.Mậu Tuất (23/5/2018) Phật tử sinh hoạt thường xuyên tại chùa đã tổ chức cuộc họp, có sự chủ trì của BTS Giáo hội PGVN huyện Thạch Hà và cấp chính quyền địa phương, Đảng ủy, UBND, UB MTTQ xã Thạch Hương, thống nhất bầu Ban Hộ tự, để quản lý khôi phục chùa, xây dựng đạo tràng tu tập theo đúng giáo lý nhà Phật, Hiến chương của Giáo hội Phật giáo Việt Nam, đưa mọi hoạt động đúng theo các quy định hiện hành của pháp luật, nhà nước. Sau đó, nhiều tổ chức, cá nhân đã ủng hộ kinh phí để Ban Hậu tự tu bổ, tôn tạo các hạng mục kiến trúc ngôi chùa. Các phật tử của chùa vẫn thực hành các nghi lễ thờ cúng theo đúng nghi thức Phật giáo. Mỗi năm, chùa sẽ tổ chức 3 ngày lễ lớn: Lễ đầu năm vào ngày rằm tháng giêng; lễ Trập bụt vào ngày 8 tháng 4 âm lịch; lễ Vu lan vào ngày rằm tháng bảy./.