Không phải mọi khoản thu của trường học công lập đều phải chịu thuế. Tùy tính chất từng khoản thu, hoạt động giáo dục, nuôi dạy trẻ, thu hộ – chi hộ hoặc một số dịch vụ sự nghiệp công có thể thuộc diện không chịu hoặc được miễn thuế; trong khi các hoạt động dịch vụ ngoài giáo dục như trông giữ xe, cho thuê mặt bằng, bán hàng, thanh lý tài sản... cần được xác định riêng để thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định. Việc phân loại đúng từng nguồn thu có ý nghĩa quan trọng đối với các cơ sở giáo dục công lập trong công tác kế toán, kê khai thuế và lập hóa đơn điện tử.

Nhiều hoạt động giáo dục không thuộc diện chịu thuế GTGT

Đối với thuế giá trị gia tăng (GTGT), hoạt động dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Phạm vi này bao gồm dạy ngoại ngữ, tin học; dạy múa, hát, hội họa, nhạc, kịch, xiếc, thể dục, thể thao; nuôi dạy trẻ và các hoạt động đào tạo, bồi dưỡng nhằm nâng cao trình độ văn hóa, kiến thức chuyên môn, nghề nghiệp.

Đối với trường mầm non, trường hợp nhà trường trực tiếp tổ chức nấu ăn cho trẻ và hoạt động này là một phần của nhiệm vụ chăm sóc, nuôi dưỡng gắn với giáo dục trẻ thì cần xác định theo bản chất hoạt động nuôi dạy trẻ để áp dụng chính sách thuế GTGT tương ứng.

Các khoản tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các khoản nhà trường thực hiện thu hộ, chi hộ cho bên thứ ba không được xác định như doanh thu cung cấp dịch vụ của nhà trường khi đáp ứng đúng bản chất thu hộ, chi hộ.

Các khoản thu về ở nội trú của học sinh, sinh viên, học viên; một số khoản phục vụ, quản lý bán trú có tính chất tương ứng; hoạt động tổ chức thi, cấp chứng chỉ nằm trong quy trình đào tạo do chính cơ sở đào tạo thực hiện cũng cần được phân loại theo quy định về hoạt động giáo dục, đào tạo.

Ngược lại, trường học có các hoạt động mang tính dịch vụ ngoài hoạt động giáo dục, đào tạo như trông giữ xe; cho thuê mặt bằng, hội trường, sân vận động; tổ chức thi, cấp chứng chỉ không gắn với hoạt động đào tạo; bán hàng, bán đồng phục, thanh lý tài sản... thì phải xác định nghĩa vụ thuế GTGT đối với từng hoạt động theo quy định.

Trường hợp áp dụng phương pháp trực tiếp trên doanh thu, tỷ lệ tính thuế GTGT đối với dịch vụ là 5%; phân phối, cung cấp hàng hóa là 1%. Đối với đơn vị đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ, số thuế phải nộp được xác định theo số thuế GTGT đầu ra sau khi khấu trừ số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện.

Như vậy, nếu cơ sở giáo dục chỉ phát sinh các khoản thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì không phát sinh số thuế GTGT phải nộp đối với các khoản này. Khi đồng thời có hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, đơn vị phải theo dõi, hạch toán và kê khai theo đúng tính chất của từng hoạt động.

Thuế TNDN: cần đặc biệt lưu ý quy định mới áp dụng từ năm 2025

Trước đây, kể từ khi Luật Phí và lệ phí có hiệu lực ngày 01/01/2017, học phí được xác định là giá dịch vụ trong lĩnh vực giáo dục, đào tạo, thay vì khoản phí thuộc danh mục phí, lệ phí do Nhà nước quản lý. Vì vậy, các cơ sở giáo dục phải căn cứ quy định pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) để xác định nghĩa vụ thuế đối với thu nhập phát sinh. Tuy nhiên, từ kỳ tính thuế năm 2025, cần đặc biệt lưu ý các quy định mới của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15.

Theo đó, thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, trong đó có dịch vụ giáo dục mầm non và giáo dục phổ thông sử dụng ngân sách nhà nước, thuộc diện được miễn thuế TNDN khi đáp ứng điều kiện theo quy định. Thu nhập của cơ sở giáo dục đại học công lập hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận cũng thuộc trường hợp được miễn thuế theo quy định của pháp luật.

Do vậy, các trường mầm non, tiểu học, THCS, THPT công lập cần căn cứ nguồn kinh phí, loại dịch vụ sự nghiệp công và tính chất từng khoản thu để xác định chính xác khoản thu nhập được miễn thuế và khoản thu nhập vẫn thuộc diện chịu thuế.

Đối với các hoạt động có thu nhập chịu thuế, trường hợp đơn vị hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được đầy đủ chi phí, việc tính thuế có thể thực hiện theo tỷ lệ trên doanh thu theo quy định. Theo cơ chế tính trực tiếp, tỷ lệ thuế TNDN thường áp dụng theo từng nhóm hoạt động như dịch vụ 5%; giáo dục, đào tạo 2%; kinh doanh hàng hóa 1%; hoạt động khác 2%, nhưng phải loại trừ các khoản thu nhập thuộc diện miễn thuế theo pháp luật hiện hành.

Nếu xác định được đầy đủ doanh thu, chi phí và thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định, thuế TNDN được xác định trên cơ sở thu nhập tính thuế và mức thuế suất tương ứng.

Một số khoản thu nhập khác trong lĩnh vực giáo dục cũng có thể thuộc diện miễn thuế khi đáp ứng điều kiện, như thu nhập từ hoạt động đào tạo nghề dành riêng cho người dân tộc thiểu số, người khuyết tật, trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt và một số đối tượng theo quy định; các khoản tài trợ được sử dụng đúng mục đích cho hoạt động giáo dục; tài trợ cơ sở vật chất phục vụ dạy và học, học bổng, hoạt động khuyến học...

Không được bỏ sót quy định về hóa đơn điện tử

Bên cạnh nghĩa vụ thuế, các cơ sở giáo dục cần đặc biệt quan tâm đến việc lập và sử dụng hóa đơn điện tử. Đối với các khoản thu từ cung cấp hàng hóa, dịch vụ thuộc trường hợp phải lập hóa đơn, cơ sở giáo dục phải lập hóa đơn theo quy định; riêng các khoản thực hiện đúng bản chất thu hộ, chi hộ cần được xác định, hạch toán và xử lý chứng từ phù hợp.

Đối với cung cấp dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn được xác định theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ; trường hợp thu tiền trước hoặc trong quá trình cung cấp dịch vụ thì cần căn cứ tính chất khoản thu và trường hợp cụ thể để xác định đúng thời điểm lập hóa đơn.

Đối với bán hàng hóa hoặc thanh lý tài sản, thời điểm lập hóa đơn về nguyên tắc là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.

Đối với trường học công lập, việc có phát sinh khoản thu không đồng nghĩa tất cả khoản thu đều phải chịu thuế. Điều quan trọng là phải phân loại đúng bản chất từng khoản: hoạt động giáo dục; dịch vụ sự nghiệp công; thu hộ – chi hộ; dịch vụ ngoài hoạt động giáo dục; bán hàng hoặc thanh lý tài sản.

Đặc biệt, từ kỳ tính thuế năm 2025, chính sách thuế TNDN đối với đơn vị sự nghiệp công lập đã có những thay đổi quan trọng. Các cơ sở giáo dục cần rà soát từng nguồn thu, xác định chính xác khoản thu nhập được miễn thuế, khoản thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và các hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế; đồng thời thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định.

Phân loại đúng khoản thu – kê khai đúng nghĩa vụ – lập hóa đơn đúng thời điểm là yêu cầu quan trọng giúp các cơ sở giáo dục công lập thực hiện đúng chính sách tài chính, thuế và hạn chế sai sót trong quá trình thanh tra, kiểm tra./.